La idea inicial surgió de la Escuela de Biología, que en el 2018 presentó una propuesta ante la Vicerrectoría de Investigación. De acuerdo con la normativa de la Universidad de Costa Rica (UCR), le corresponde al Consejo Universitario aprobar los centros e institutos de investigación.

Con la creación de esta unidad de investigación la Universidad de Costa Rica dispone de más de cincuenta unidades de investigación, 36 de ellas son centros de investigación, 13 institutos de investigación y cuatro unidades especiales; además de  de veinte estaciones experimentales, fincas, jardines botánicos, museos, laboratorios, un planetario y otras unidades académicas en las que también se realizan diversas investigaciones.

Otras unidades de investigación que estudian temas relacionados con el ambiente en la UCR son el Centro de Investigaciones en Desarrollo Sostenible (CIEDES), el Centro de Investigación en, Ciencias del Mar y Limnología (CIMAR), el Centro en Investigación en Contaminación Ambiental (CICA), el Centro de Investigaciones Geofísicas (CIGEFI), el Jardín Botánico Lankester (JBL) y algunas estaciones y fincas experimentales.

Con la creación del nuevo Centro, la Institución fortalece su quehacer científico en consonancia con las políticas institucionales orientadas a promover y consolidar la investigación según las necesidades del país.

Costa Rica cuenta con aproximadamente un 5 % de la biodiversidad mundial, en un territorio que apenas alcanza el 0,03 % de la superficie del planeta.

Por lo tanto, entre los argumentos para establecer el CIBET, se señala la necesidad de documentar la biodiversidad nacional, con el fin de comprender su función y relación con el entorno natural y las poblaciones humanas, así como para plantear soluciones a los riesgos y los problemas ambientales.

Conforme al Reglamento de Investigación de la UCR, el objetivo principal de un centro investigativo es desarrollar e impulsar los estudios científicos, humanistas, artísticos y tecnológicos de excelencia.

Asimismo, le corresponde articular la investigación con la docencia en las unidades académicas afines, tanto en grado como en posgrado, y procurar la presencia del estudiantado en las investigaciones, así como vincular la investigación con programas y proyectos de acción social.

En el acuerdo del Consejo Universitario también se designó como primer director del CIBET al Dr. Bernal Rodríguez Herrera, profesor e investigador de la Escuela de Biología, para el período comprendido entre el 1° de marzo del 2020 al 28 de febrero del 2021.